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有一句俗语叫做“江山易改，本性难移”，有一句更俗的话叫做“狗改不了吃屎”。逃跑，再逃跑，不断的逃跑，这种临阵脱逃已经深入到刘良佐等前明军的骨髓，并不因变换了主子而发生本质的变化。
不管是原来在辽西对阵后金兵，还是被调入关内剿灭流民军，乃至最后作为江北四镇之一，每遇强敌、稍有挫折，刘良佐都会带着手下亲兵不战而逃。遇强则逃已经成为了他的本能反应，在这二十来年的纷乱中，朝廷无数的猛将先后陨落，或亡与建奴，或死于流贼，可也有左良玉、刘良佐、刘泽清之流，不仅没有陨落，反而活得异常滋润，官是越做越大。吃了多年的朝廷俸禄，身为朝廷重将，可是当清兵南下时，却一个个摇身一变，变换了阵营，对着昔日的同袍、同族百姓举起了屠刀。可这样的人再怎么变，也改变不了其内心怯懦的本性。
当遭遇到刘肇基属下炮兵的链弹攻击时，短时间内就有近百骑兵死在链弹之下，这种程度的伤亡吓破了刘良佐属下骑兵的胆魄，也使得他们丧失了取胜的信心。当他们大败而回时，根本顾不得观看江阴城下战场的局势，一个个本能的继续狂逃。
刘良佐虽然有心整理一下队列，奈何他属下的骑兵个个只顾着逃兵，在如雷的马蹄声中他的话语连身边的亲兵都听不清，于是乎被挟裹着从江阴城外仓皇往南逃去，根本顾不得理会城下的几千步兵。也许在刘良佐心中，既然自己都逃了，属下理所当然的会追随自己的脚步，根本不需要再发出撤退的命令吧。
是的，此时已经不需要他再发出撤退的命令，看到主力骑兵不顾而去，不论是正在围攻沙千里部的绿营步兵，还是正在追击乡兵即将破城的清兵，纷纷停止下进攻的步伐，转过身去，向他们的主帅一样潇洒的逃走了，挥一挥手在身后留下一片尘土。
看到进攻的绿营兵就这退去，不论是力战虚脱的沙千里部，还是溃散中的陈明遇属下乡兵，无不长出口气，或噗通坐在地上，或倚在城墙上，脸上都露出了劫后余生的表情。
按说此时正是追击的最佳时刻，可是沙千里部残余的士兵不足五百人，几乎人人带伤，根本没有力气追击，而陈明遇属下的乡兵？还是算了，把溃散的他们从新聚集就需要好大的功夫，还是把希望寄托在即将抵达的刘肇基部主力身上吧。
刘肇基部来的很快，由于担心沙千里部的安危，刘肇基不停的督促着士兵们加快行军速度。当来到江阴城下，看到坐在护城河边休息的沙千里部时，刘肇基不由得长出口气。
其实刘肇基和沙千里的关系很不融洽，主要是沙千里年轻气盛，根本瞧不起半路加入却位居其上的刘肇基，经常在军议时顶撞刘肇基，没奈何，刘肇基便把沙千里发配到江阴城中。可是再怎么不喜欢沙千里，刘肇基也不敢任由沙千里被绿营兵消灭，毕竟沙千里是都督任思齐身边的老人，深受任思齐的喜爱。看到沙千里无恙，刘肇基的心才算放了下来。
看到崇明军主力前来，陈明遇命令周瑞珑、邵康公等将领重整乡兵队伍，自己急忙出城迎接刘肇基。二人相见，寒暄过后，陈明遇极力邀请刘肇基带兵进入江阴，甘愿把指挥权让给刘肇基，从此刘肇基就是江阴的最高统帅。
刘肇基微微一笑，拒绝了陈明遇的提议，言说要追击逃走刘良佐部，并攻略常州。刘肇基并未入城，率领属下主力向南追击而去，把残破的沙千里营留下休整。
经过刚刚的大败，陈明遇知道自己根本没有领兵之才，便重新想起智勇双全的前典史阎应元来。于是趁着清军撤去，陈明遇亲自前往阎应元隐居的祝塘，拜会阎应元。对陈明遇的邀请，阎应元慨然答应了下来，聚乡中少年六百余人，并带着全家来到了江阴城。
到达江阴之后，陈明遇力排众议，推举阎应元为江阴统帅。阎应元接管权力之后，立刻开始布置城防，首先派人详查城中青壮人数，挑选年轻力壮者组成乡兵，得乡兵三万余人。然后分派人手，三万乡兵分班上城防守，每个垛口固定十个士兵，按时换班。由武举人王公略守东门，崇明军营正沙千里守北门，陈明遇守西门，应元自任守南门，其他将领周瑞珑、邵康公各自负责一段城墙。委任训导冯厚敦为总管，在许用等诸生的协助下负责全城粮饷军械后勤事宜。
严格盘查城内人等，查出以顾元泌为首的细作数十人，悉数杀之。
在阎应元的指挥下，江阴城一切变得井井有条，军民们爆发出极大的抗清热情。
沙千里部因为损失惨重被留在江阴休整。这支崇明军和清兵苦战的情形看在所有江阴百姓的眼中，对于这支英勇的军队江阴军民都心生敬慕，无数的城中少年涌到北门要求加入崇明军。
手下死伤惨重自然需要重新扩充，沙千里从报名的少年中，，挑选出孔武有力者五百余人纳入军中，一营的千人编制重新完整。对这些新加入的少年，沙千里提出了一个要求，就是必须把家人搬到崇明岛。
对于这些人的疑问，沙千里是这样解释的，加入崇明军后肯定会和清兵连续大战，伤亡在所难免，若是家人搬到崇明，则不论受伤还是战死，家人都会受到抚恤，会受到崇明官府的供养。
这个理由很牵强，很多人心中很是犹豫，毕竟崇明是座荒岛，自然比不上江阴的繁华。但也有人有感于江阴的战乱，把家人搬到崇明自然可以免去自己的后顾之忧。
沙千里只肯接纳愿意把家搬到崇明的这种做法，看在有心人的眼中则又生出其他想法。
“也许崇明那位越国公根本不认为江阴能够守住！”阎应元如此对陈明遇道，“或者他根本没打算派兵死守江阴，要不为何刘肇基将军怎么也不肯入江阴城，只留了几百人协助防守。”
“那可怎么办？若是崇明军不肯竭力助咱们守城，凭借咱们一城之力，无论如何也抵抗不了清兵啊！”陈明遇担忧的说道。此时时间已经到了七月，各地举义被镇压的消息陆续传来，据说越国公任思齐也已经带兵从嘉定退回了崇明。苏州嘉定松江，各地的举义纷纷被镇压，也许很快清兵就会全力前来攻打江阴，仅靠刘肇基部几千士兵以及这座江阴城能挡住几十万清兵的攻击吗？